1.
確かに、重ね合わせ系列グラフは他の単独のグラフと異なる動作となっています。指定した設定は通常保存されるのですが、データをクリアしたときにデータに関連する設定もクリアされるようになっています。一方、単独のグラフではデータをクリアしてもすべての設定が保存されています。同じ動作の方が良いのですが、内部処理の制限からこのように異なる動作になってしまっているのが現状です。
これに関してはこちらで改善を検討しますが、現状ではデータ設定後に必要な設定をメソッドで実行する必要があります。データラベルの非表示であれば、「setChartLabelVisible(boolean,int)」を、他に数値軸の最大値や最小値も設定が必要です。必要なメソッドが不明な場合はお問い合わせください。
2.
すべてのグラフの色分けは自動でされますが、メソッドで指定することもできます。同様に、すべてのグラフの色は取得できると思います。重ね合わせ系列グラフも、グラフの色を取得できまして、メソッドは「getSeriesColor(int,int)」になります。引数は0から始まるグラフの番号と数値軸の番号(0か1)です。