お問い合わせありがとうございます。
ご指摘の通り、作成したアプリケーションをアプリケーションローダーで実行する場合、アプリケーションが終了すると、Javaプロセスが終了しTimerも継続して動作することはありません。
一方、アプリケーションビルダーの場合は、「アプリケーションを終了する()」が行われても、Javaのプロセスを終了するとアプリケーションビルダー自体も終了することになってしまうため、プロセスは終了しないようになっています。
Timer停止を明示しないと、別スレッドで実行されているTimerは継続して動作し、意図しない処理が行われる可能性があります。
以上、ご不明な点がございましたら、どうぞ再度ご連絡ください。
よろしくお願い申し上げます。