引数を指定する場合は、通信先プログラムを設定するときの文字列に含めてお試しください。
実行位置の指定については、日本語化されていないメソッドとなりますが「startProgram(boolean,PFObjectList,String)」を用いて、startProgram(true,null,実行位置のパス)と指定します。日本語化されていないメソッドは、起動メソッド情報のダイアログで「全メソッド対象」をチェックすると選択可能です。このメソッドの詳細については、付属のJavadocでPFExternalProgramIFの項目をご覧ください。
参考までに、外部プログラム通信を用いてコマンドを実行して結果を表示するサンプルの圧縮ファイルを添付します。
なお、外部プログラムを起動する場合は、お使いの環境と対象とするプログラムによって、正常に動作する場合とそうでない場合がございますので、動作しない場合はお手数ですが指定方法を変えてお試しください。