メール受信のサンプルでは、「一覧受信」ボタンでメールサーバから一覧を受信して、テーブル上でメールを選択して「詳細受信ボタン」を押すことでメール本文を受信します。この「詳細受信ボタン」を押したときの処理の中で、POP3メール受信の「指定したメールを取得する」の引数で、受信したメールをサーバ側から削除するかどうかを指定することができます。
以前は、POP方式のメールソフトが多く、メールソフトがサーバ側のメールを削除しており、結果的に差分だけ取得することになっていたと思います。メール受信のサンプルは、このような動作を想定して作られています。
一方、最近はIMAP等の方式で、サーバ側にすべてのメールが残ったままになる方が主流のようです。この場合、メール受信のサンプルでPOP方式の受信をすると、常にすべてのメールの一覧を受信することになります。また、上記のメール削除の指定をしたとして、サーバ側で実際に削除されるかどうかは環境ごとに試してみないとわかりません。削除されなければサーバ側の制約かもしれませんし、MZ側の機能改善が必要かもしれませんが、こちらで再現ができないことには対応ができません。
サーバ側でメールを削除せずに差分だけ取得しようとすると、そのような処理を独自に作成する必要があります。その場合でも、常にサーバ側のメールの一覧を一度取得する必要がありますし、ローカルの状態と比較して選択受信する必要があるので、やはり処理に時間がかかると思います。