テキストファイル入力のメソッド「read(String,String)」で文字コード名を指定して読み込むという対処法で良いと思いますが、文字コード名の指定は固定値で「ASCII」、「EUC_JP」、「UTF8」等になります。詳細はJavadocをご覧ください。
file:///C:/MZPlatform/3.6/docs/javadoc/jp/go/aist/dmrc/platform/beans/io/PFTextFileReader.html#read-java.lang.String-java.lang.String-
正しい文字コードを指定すれば成功すると思いますが、もしうまくいかない場合はファイルの一部でも添付していただければこちらでも分析できますので、ご検討ください。
なお、ご指摘のように文字コード名の指定に誤りがあった際のエラー表示も「ファイルがみつかりません」となっているようです。こちらは今後修正を検討します。