現状は、デバッガを用いてもどこでファイルサイズが大きくなっているか調べることができません。下記の情報から不要なデータを削除するようにしていただくしかありません。気になる点があれば、お気軽にご質問ください。
まずは、保存されたMZAXファイルとMZASファイルでどの程度ファイルサイズに差が出ているか、ご確認いただけますでしょうか。
また、MZのコンポーネントのうち、画面表示部品に含まれるものの多くは、何もしなければデータが保存されるようになっています。その一例として、データベースから検索して得られた巨大なテーブルデータを画面に表示してクリアしないと、それがそのままファイルに保存されます。同じことがグラフやガントチャートにもあてはまります。アプリの終了時にこのような不要なデータをすべて削除する処理を作るように心がける必要があります。
他によくある例として、イメージビューワーで表示する画像のデータ量が多くてアプリのファイルサイズが大きくなることがあります。会社のロゴを表示するなど、サイズが小さい場合は良いのですが、大きい画像はアプリ内に保存しないような工夫が必要になることがあります。
画面表示部品以外でデータが残ってしまう代表としては、テーブルサブセットフィルタが挙げられます。データベースから検索したりCSVファイルから得られたテーブルを設定して部分テーブルを取得した後に、確実にデータをクリアしないと、ファイルに出力されてしまいます。
逆に、すべての変数コンポーネントはデータが保存されないようになっているので、これは確認しなくて大丈夫です。